По информации, которой располагают правоохранительные органы, первый заместитель директора ФГУП «Атэкс» (относится к ФСО) мог получить 10 млн рублей в качестве коммерческого подкупа, которые были выделены по государственному контракту. Речь идет о контракте на строительство учебного центра Федеральной службы охраны, оформленный в конце 2012 года. Деньги передавал руководитель ООО «Тэмп» Андрей Никифоров. Последний был задержан в 2017 году по подозрению в хищении нескольких сотен млн рублей по этому же контракту. По данному факту проводилась следственная проверка в отношении ФГУП «Атэкс».
Другое резонансное дело, связанное с данным федеральным унитарным предприятием, привело к реальному лишению свободы сроком на 8 лет заместителя директора Станислава Кюнера. Его обвинили в хищении более 1 млрд рублей, выделенных на реконструкцию и ремонтные работы в президентской резиденции в Ново-Огарево. Суд признал Кюнера виновным.